法律分析：只要发生劳动关系就得缴纳社保，这是义务，逃避不了。所以你们要缴纳两个月的社保，至于个人工资不够代扣个人应缴的，需要通知员工自己补缴那部分！一般是15号之前入职的当月就得缴纳社保，15号之后入职的要下月补缴。由于企业要帮新员工缴纳社保要走很多流程，所以可能流程还没走完（第五十八条），员工就离职了。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第五十八条 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。
自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。
国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。