在中国的土地制度下，农村土地分为集体所有土地和国有土地两大类。根据您的描述，您开垦了一块地并且耕种多年，现在申请确权时被告知是国有土地，而之前村集体一直在收取承包费，这种情况下，您应该遵循以下步骤解决：
了解土地性质：
国有土地一般是政府直接管理的土地，使用权可以通过租赁、划拨等方式取得。如果这块地确实是国有土地，那么村集体无权直接发包。您需要向相关部门（如国土局或自然资源部门）核实土地的确切权属信息。
查阅相关凭证：
查看您与村集体签订的承包合同，明确合同中关于土地性质的约定，以及村集体是否有权发包该地块。
追溯承包费缴纳记录：
收集历年缴纳承包费的证据，包括收据、转账记录等，以便进一步厘清事实。
法律咨询：
咨询专业的法律顾问或律师，了解在这种情况下，已缴纳的承包费是否能追回，以及下一步应该如何合法合规地处理土地使用权问题。
官方渠道反映：
向上级政府或者相关的土地管理部门反映这一情况，请求协调解决。如果村集体在明知土地性质的情况下仍违规收取承包费，有关部门应介入调查并依法作出处理。
申请确权：
对于您实际使用的国有土地，如果符合法律法规规定的条件，您可以尝试申请临时用地、租赁或其他形式的使用权。具体的程序和条件应参照当地国有土地管理的相关规定执行。
总之，在确定土地性质的基础上，遵循合法途径解决问题，必要时通过法律手段维护自身权益。同时，注意在处理过程中保留所有书面材料和沟通记录，以备后续可能出现的争议或诉讼。
在中国，土地所有权分为国有土地和集体土地两种。国有土地归国家所有，集体土地则归农村集体经济组织所有。如果您的土地被认定为国有土地，那么理论上您可能无法获得土地所有权，但可以拥有土地使用权。
关于您的情况，这里有几点建议：
了解土地性质：首先，您需要明确土地的性质。如果土地确实是国有土地，那么镇政府有权收取土地使用费。您可以向当地国土资源部门或土地管理部门咨询，获取土地性质的官方文件。
查阅合同：如果您之前与村委会签订了土地承包合同，合同中应该明确了土地的性质和使用权。请仔细阅读合同条款，了解您的权益。
法律咨询：如果您对土地性质有疑问，或者认为村委会收取的费用不合理，建议您咨询专业律师。律师可以帮助您了解相关法律法规，并提供法律途径解决问题。
协商解决：尝试与村委会进行协商，了解土地使用费的收取依据和标准。如果可能，寻求一个双方都能接受的解决方案。
行政复议或诉讼：如果协商无果，您可以向上级政府申请行政复议，或者向法院提起行政诉讼。在这一过程中，您可能需要提供土地承包合同、土地使用证明等相关文件。
请注意，土地确权是一个复杂的过程，涉及到土地法、合同法等多个法律领域。在处理此类问题时，务必谨慎行事，确保自己的权益得到合法保护。希望这些建议对您有所帮助。