1.灭活疫苗（inactivated）：亦称死疫苗，是选用免疫原性强的病原微生物，经人工大量培养后，用理化方法灭活而制成。死疫苗主要诱导特异抗体的产生，为维持血清抗体水平，常需多次接种，有时注射局部和全身的反应较重。由于灭活的病原体不能进入宿主细胞内增殖，不能通过内源性抗原提呈途径诱导CTL的产生，免疫效果有一定局限性 。常用的有伤寒、霍乱、百日咳等。灭活疫苗的易于保存，有效期长。
2.减毒活疫苗（live-attenuated vaccine）：是用减毒或无毒力的活病原微生物制成的疫苗。传统的制备方法是将病原体在培养基或动物细胞中反复传代，使其失去毒性，但保留抗原性。 例如，用牛型结核杆菌在人工培养基上多次传代后制成卡介苗，用脊髓灰质炎病毒在猴子肾细胞中反复传代后制成疫苗。活疫苗接种类似于隐性感染或轻症感染，病原体在人体内有一定的生长繁殖能力，一般只需接种一次。多数活疫苗的免疫效果良好、持久，除诱导机体产生体液免疫外，还可产生细胞免疫，经自然感染途径接种还形成粘膜局部免疫。其不足之处是疫苗在体内存在着回复突变的危险，但在实践中十分罕见。免疫缺陷者和孕妇一般不宜接种活疫苗。 减毒活疫苗的潜在优势在于它还可导致减毒株在易感者之间的水平传播，这种传播可能会增加人群的实际免疫覆盖率，但有时这种水平传播会增加减毒株恢复毒性的可能性。因此，对于有可能产生水平传播的疫苗减毒株，必须实施严格的监测。
减毒活疫苗的免疫反应强于灭活疫苗，且由于免疫记忆而维持终身。减毒活疫苗具有接种量小、接种次数少，免疫效果好、维持时间长的优点，但不易保存，通常需要冷链运转。
3.类毒素（toxoid）：是用细菌的外毒素经0.3%~0.4%甲醛处理后，使其失去毒性保留抗原性制成的疫苗。接种后使机体产生抗毒素，中和相应细菌产生的外毒素，从而预防细菌感染，如破伤风类毒素、白喉类毒素等。
4.亚单位疫苗（subunit vaccine）：是去除病原体中与激发保护性免疫无关的甚至是有害的成分，保留有效免疫原成分制成的疫苗。如提取百日咳杆菌的丝状血凝素制成的无细胞百日咳疫苗，提取细菌多糖成分制成的脑膜炎球菌、肺炎球菌、b型流感杆菌的多糖疫苗等。此种疫苗免疫效果好，副作用小，但制备麻烦
5.重组疫苗（recombinant vaccine）：是利用DNA重组技术制备的只含有保护性抗原成分的纯化疫苗。首先选定病原体编码有效抗原的基因片段，将该基因片段与载体重组后导入细菌、酵母菌或动物细胞内，通过大量繁殖这些细菌或细胞，使目的基因的产物增多，最后从细菌或细胞培养物中收集、提取、纯化所需的抗原。世界上第一种重组疫苗是乙肝疫苗。重组疫苗不含活的病原体和病毒核酸，安全有效。
6.DNA疫苗（DNA vaccine）：亦称核酸疫苗，是用编码病原体有效抗原的基因与细菌质粒构建的重组体直接免疫机体，转染宿主细胞，使其表达保护性抗原，从而诱导机体产生特异性免疫的疫苗。目前研制的疫苗包括HIV、流感病毒、轮状病毒、疟疾等。
核酸疫苗的问世被誉为疫苗学中的一次革命。目前，对核酸疫苗的确切作用机制，以及接种人体后的安全性等问题正在继续深入研究之中。
