大专入伍学费是按照每年最高六千元的标准退还的；如果低于六千元的，交多少退多少；高于六千元的，最高也只给六千。根据相关法律规定，对于学费补偿、国家助学贷款代偿及学费减免标准，本专科生每人每年最高不超过六千元，硕士研究生每人每年最高不超过八千元，博士研究生每人每年最高不超过一万元。
《普通高等学校学生管理规定》第六十五条 学生认为学校及其工作人员违反本规定，侵害其合法权益的；或者学校制定的规章制度与法律法规和本规定抵触的，可以向学校所在地省级教育行政部门投诉。 教育主管部门在实施监督或者处理申诉、投诉过程中，发现学校及其工作人员有违反法律、法规及本规定的行为或者未按照本规定履行相应义务的，或者学校自行制定的相关管理制度、规定，侵害学生合法权益的，应当责令改正；发现存在违法违纪的，应当及时进行调查处理或者移送有关部门，依据有关法律和相关规定，追究有关责任人的责任。