首先“军机大臣”是无品级，也无俸禄的官职，《清史稿.职官志》载:“由大学士、尚书、侍郎内特旨召入”，也就是说它是由大学士、尚书、侍郎等有品级的官员兼任的。
但是不要以为它没品级，就认为它权力不大，实际上它是清朝最有权势的一个官职。“掌军国大政，以赞机务。”协助皇帝处理清朝全国军政事务，这等权力已属“宰执”之职。
而据《清史稿.职官志》所载，军机大臣的职权有以下几点:
一、“常日侍直，应对献替，巡幸亦如之”，平日都需在皇上身边听命，皇帝有什么不解的地方，他们需要在旁出谋划策，而且皇帝出巡的时亦需跟随在旁。
二、“明降谕旨，述交内阁。谕本处行者，封寄所司。”，凡官员上报的文书，照例的题本归内阁，折奏“请旨”者归军机处，这类奏折有军机大臣负责先行处理，对一般的奏折票签处理意见。
三、办理皇帝交议的大政。当时清帝凡遇到对重大政务不知如何处置时，就会交予军机大臣或密议，或与其他军机处官员会议。
四、处理某些皇帝特别交代的重大案件的审理，或联同三法司一起审理。在审理案件的过程中，军机大臣可在军机处直接提讯，但如果要用刑的话，军机大臣只能去内务府公所或步军统领衙门中方可。
五、可参预到秋审案件的审理。在当时军机大臣可会同刑部、大理寺、都察院等官员对各省上报的死刑案件进行复审。
六、重要文武官员的举荐权。当时大学士、各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等重要官员的补放，都先由军机大臣负责开列应补人员名单，然后再交皇帝选择任用。
七、科考主考官、总裁官的举荐。凡遇科考，主考、总裁均有军机大臣负责举荐，然后交由皇帝选用。
八、复试或殿试时，军机大臣负责核对试卷、检查笔迹，及充任阅卷官。
九、可以“钦差”身份前往地方专司某事，或督办某事。
十、颁赏蒙古王公之事。凡封赏蒙古王公的事情均由军机大臣负责。
十一、永远加恩和新正加恩之时。凡恩赏皇族、百官一事均有军机大臣负责。
十二、秋审呈进黄册一事。就是秋审之后决定要执行死刑的囚犯信息由军机大臣负责呈报皇帝。
可以说军机大臣是清朝最有权势的官员，他们总揽清朝全国机要，上至中央，下至地方，他们都可以参预，各地所上奏的奏章都先由他们票拟意见，然后交由皇帝抉择。
此外，最重要的是军机大臣手握的一个最为重要的权力，那就是全国重要的文武官员的举荐权，在当时上至中央的大学士、六部尚书，下至地方的总督、巡抚、驻防将军等出现空缺时，都先由军机大臣开列应补人员的名单，然后呈给皇帝选用。而这个权力就让军机大臣凌驾于内阁和六部之上。
而且如果是皇帝下诏特旨简放的官员，他们的官职由军机大臣来负责安排，皇帝不会过问，也就是说全凭军机大臣决断。
所以综上所述，作为军机处这一全国政治中枢的最该长官，军机大臣的权力绝对是要比两广总督这一地方总督的权力大。
当两广总督的权力虽比不上军机大臣，但在地方上他确是“权势滔天”的存在。
《清史稿.职官志》载:“总督掌釐治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆”，两广总督就是总管广西、广东两省军民事务的最高长官，负责节制两省不包括驻防将军辖下的将士的所有文武官员，并对他们有监察之权，同时负责两省的军民事务。此外，两广总督还会兼任广西、广东两省的其中一省的巡抚事。
可以说在两广的地面上，两广总督形同一个“土皇帝”，尤其是在咸丰之后，因太平天国运动导致中央不得不将部分权力，如官员任免权、财政权、兵权等下放到督抚的手中，两广总督更是权势滔天。
当然不管如何，两广总督的权力和地位始终都是比不上军机大臣的。
因为清朝晚期总督的权力在扩大，军机大臣的权力也在扩大，自奕欣担任领班军机大臣开始，军机大臣都会兼任总理衙门大臣，而在当时总理衙门就是清朝的另外一个权力中枢。