1、认定是否违建的法律依据，现在主要依据的是2008年开始实施的《城乡规划法》，在征收拆迁中，征收方以被拆迁建筑是违建作为理由，来达到降低补偿成本，这是惯用的“套路”，即使征收方拿出法律条文也是属于违法行为的。关于违建的认定，需要依法遵守：有权机关作出认定，送达相对人，相对人有权在60天内行政复议或者6个月内行政诉讼，以便行驶司法救济权。最后在法院的认定下才能确定是否违建。
2、关于补偿标准和补偿的项目，参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的精神执行，这在《中纪办﹝2011﹞8号》文件中有明确规定的。但是集体土地征收的法定程序，报批机关还是必须要依据《土地管理法》，《土地管理法实施条例》的规定执行。具体可以参看《土地管理法》第四十五条。即集体土地征收，土地性质由集体变更为国有土地，需要经过省级以上人民政府的批准。并依法定的公示公告，组织听证，落实补偿程序进行才可以的。如果私自改为“国有土地”，则毫无疑问属于严重的违法行为。
3、如上述两点，针对题主的目的，可以从征收方的征收报批机关、征收的法定程序、征收补偿落实程序等角度提起行政复议或者行政诉讼，是比较可行的法律解决方案。如果单针对补偿协议提起法律程序（无论是撤销协议，还是确认协议无效），均会陷入民事诉讼的“泥潭”之中，是不可行的。