正科级非领导职务和主任科员是近似职位，都是退居二线的正科级干部。
主任科员属于正科级，但属于非领导职务，所以职责略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导职务。职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。各省职务工资规定不同，一般同一年参加工作的正科级领导职务和非领导职务的职务工资相差30至100元不等。在县乡等基层，一般是副科级领导干部卸任领导职务的同时，提升为主任科员，然后等待退休。
而在省以上机关，主任科员一般是担任更高级职务之前的一个台阶，在此基础上可以提升为正科级领导职务，也可以提升为副处级职务。
正科级非领导职务是指领导干部由于各种原因改任非领导职务。按《中华人民共和国公务员法》规定，非领导职务层次在厅局级以下设置，享受相应级别和待遇，不具有行政领导职责。领导干部转为非领导职务后，有的能够继续坚守岗位，积极发挥余热。