庆大霉素属于氨基糖苷类抗生素，具有较强的肾毒性和耳毒性，主要的不良反应如下：
1.耳毒性。其主要表现为听力减退、
耳鸣和耳部有饱满感等，严重时还可能出现药物性耳聋，且不可逆转。
2.肾毒性。其主要表现为血尿、
蛋白尿、尿量减少、排尿次数减少、食欲减退、极度口渴等，严重时可以导致肾功能减退，且不可逆转。其发生率较妥布霉素等抗生素为高。
其他的不良反应还有：
1.全身应用合并鞘内注射时引起腿部抽搐、
皮疹、发热和全身痉挛等。
2.有时也有呼吸困难（有呼吸抑制作用）、嗜睡、眩晕、极度软弱无力的表现。
3.偶见过敏反应，严重的过敏性休克少见。
4.大剂量用药容易导致水肿。
5.偶可出现皮肤瘙痒，荨麻疹等，停药后皮疹很快消退。
6.偶可引起
贫血、白细胞减少、粒细胞减少、血小板减少、
低血压。
7.少数患者可出现肝功能改变。
8.肠胃道反应，如恶心、呕吐、腹胀等。
9.长期使用会破坏人体正常菌群，导致不敏感微生物的过度生长，造成多重感染。
10.对胎儿而言，庆大霉素还有较强的致畸作用。