1949年10月1日中华人民共和国中央人民政府成立后，中国人民解放军总司令朱德命令全体指战员，坚决执行中央人民政府和毛泽东主席的一切命令，迅速肃清国民党反动军队的残余，解放一切尚未解放的国土，同时肃清土匪和其他一切反革命匪徒，镇压他们的一切反抗和捣乱行为。1950年春，在党中央、中央军委的部署，各地党委的统一领导及广大群众、民兵的积极配合下，人民解放军对国民党潜留在全国各地的政治土匪及与之勾结的惯匪进行了清剿斗争，掀起了一场席卷全中国的剿匪运动。
解放初期，东北解放区的匪患主要是日伪残余、地主武装、国民党势力。在华北、西北、华东、中南、西南解放区的匪患主要是潜伏的国民党残余武装、地主恶霸和职业惯匪与地方封建势力相勾结，企图以所谓“大陆游击”同人民解放军进行长期斗争的反动势力。中共中央、中央军委对于剿匪斗争坚决贯彻军事打击、政治争取、发动群众三者紧密结合的方针和首恶者必办、胁从者不问、立功者受奖的政策，结合民主改革、减租减息、镇反除霸、宣传抗美援朝等中心工作，对国民党军残余、特务、土匪及其它反动武装展开清剿斗争。遵照中共中央、中央军委指示，人民解放军先后抽调了约150万人的兵力,分军事进剿、分兵驻剿、结合农村土地改革彻底清剿等三个剿匪阶段，采取了进剿股匪、清剿散匪，捕捉匪首，平息土匪和反动会道门暴乱，聚歼潜入的武装匪特等剿匪斗争形式，在全国范国内执行剿匪肃特等任务。
东北解放区的剿匪斗争，是在我党没有取得绝对政权的情况下，在一个特殊区域进行的。东北的北满和西满地区，是历史上有名的土匪区。日本投降后，东北民主联军、359旅等进入东北的初期，由于国民党利用合法接收机关到处加委伪满洲军及惯匪，因此东北土匪得到普遍发展。我党进入东北后，就依照党中央、东北局1946年发出《关于剿匪与发动群众的指示》，依靠老部队和一部分新部队进行了剿匪斗争。东北各地紧密结合反奸清洗、扩兵建军、土改支前等工作，卓有成效地开展剿匪工作，他们处决“滚地雷”匪首王成堂、“占海”匪队匪首张万选, 破获了多起叛匪妄图攻打县委的阴谋暴动案件，将东北境内的大股土匪歼灭。枪杆子里面出政权，军民携手擒凶顽。从1946年到1948年，历时3年的东北地区剿匪斗争终于取得了最后胜利，加强了新生的县民主政权。保卫了解放战争的胜利成果，巩固了新生的人民民主政权。
华北解放区，国民党有组织、有计划地潜伏了所谓“地下军”、“敌后游击军”等大批匪特，解放之初在华北已发现的匪特达3万人，其中以绥远地区为最多，尤其骑匪危害极大。大股土匪主要在绥远、察哈尔、平原等省一些解放较晚的地区活动；小股土匪活动在天津、北京、太原附近，平原省的新乡和安阳地区也较多。他们袭击小部队及地方党、政机关，拦路抢劫，破坏交通运输及各种建设，危害社会治安。面对这严峻的形势1949年5月华北军区召开了全区剿匪工作会议，要求广泛发动群众，全面开展了剿匪斗争。华北解放军采取军事清剿与政治瓦解相结合的方针，组织武装工作队与各级人民武装密切结合，采取运动作战方式，城乡统一行动，对河北、察哈尔、山西、平原等省的大小股匪展开进剿。至1951年9月，土匪、特务基本被肃清，共歼匪特5.3万余人，缴获火炮10余门、各种枪8800余支。
西北解放区，匪患主要是国民党军胡宗南、马步芳、马鸿逵残部骨干分子，纠集散兵游勇、惯匪等，组织成一支势力强大的土匪武装。甘肃境内有土匪67股，主要分布于临夏、河西走廊、陇东、平凉等地；青海境内有马步芳、马鸿逵残部近万人，活动于西宁西北、贵德东北等地；陕西境内有土匪40余股，主要分布在武功、安康和川陕边等地；宁夏之敌在该地解放前自行溃散，马绍武等股匪藏匿在贺兰山、同心、西吉、海原、固原等偏僻山区，给宁夏剿匪带来相当大的难度。继马绍武之后对新生人民政权威胁最大的惯匪是张海禄。他懂军事，会指挥，充分利用地形熟，匪源足的条件，欺骗群众，收买人心，与解放军进行周旋。新疆有乌斯满、尧乐博斯等股匪，主要活动于伊宁、库尔勒和青新边等地区。这些土匪到处袭击城镇，组织暴乱，破坏民族团结。 为根除匪患，1949年11月至1953年7月，人民解放军西北军区先后投入2个兵团、11个军、38个师另1个旅3个团的兵力进行在陕、甘、宁、青、新地区进行的剿匪作战。人民解放军西北军区先后歼灭了陕西王凌云、甘肃马英贵、青海马成贤、宁夏马绍武、新疆乌斯满等股匪，歼灭土匪数千人，沉重打击匪徒的嚣张气焰。此后，西北军区针对主力部队转入生产后，被击溃的土匪又重新拉起队伍，并利用宗教、民族问题煽动暴乱等新情况，西北军区发出剿匪指示，各剿匪部队实行分片包干，协同作战，要求彻底肃清西北地区残匪。1953年上半年，西北军区调集126个连1.9万多人，围剿甘青川交界地区的马良、马元祥匪部，全歼马匪1600多人。到1953年7月，西北地区大规模剿匪作战结束，股匪和残余散匪基本肃清。在三年多的剿匪作战中，西北军区剿匪部队共歼灭土匪9.09万人，缴获各种炮80余门、各种枪3.5万余支。
华东解放区，据1949年7月统计全区陆上有土匪700余股、11.3万多人，沿海岛屿的海匪也有万余人。匪情又有所发展尤以浙江、福建最为严重。为消除匪患，1949年至1953年，中国人民解放军华东军区和第三野战军所属部队及地方武装在华东地区进行的剿匪作战。1949年8月华东军区和第三野战军颁布剿匪作战命令，决定在进军福建和解放浙江沿海岛屿的同时，抽调主力部队结合地方武装，发动以浙、皖为重点的华东大陆地区秋季剿匪作战。从8月下旬起，各剿匪部队采用集中优势兵力、迂回包围的战术，灵活运用军事打击和政治争取相结合的方针，一举歼灭了活动于闽北地区的“中华民族自救军闽北总指挥部”。浙江的“国防部第三纵队”、苏南、皖北的“苏皖军区第三纵队”等重要股匪。1950年6月朝鲜战争爆发后，华东地区土匪活动再度沉渣泛起。针对土匪活动的新动向，华东军区决定集中力量匪患严重的福建、浙江进行剿匪作战。各剿匪部队灵活运用奔袭、合围、伏击、搜捕等战术，先富饶地区及交通线附近地区的土匪，然后再消灭边远地区的土匪。11月，中央军委主席毛泽东宣布驻闽部队推迟攻打金门，全力以赴进行剿匪命令后，福建境内的剿匪部队更是如虎添翼。他们先后歼灭了“福建人民反共救国军第八纵队”、“闽浙赣边区民众自卫总队”等30多股土匪。到1951年6月，华东地区进剿任务基本完成，共歼灭土匪11.45万多人。从1951年6月起，经过一年多的斗争，终于肃清了陆上残匪，平息了匪患。在清剿陆上土匪的同时，华东军区沿海边防部队、海军部队在地方武装和公安部门的配合下，还展开了清剿海匪的斗争。1951年华东军区海军舰艇部队单独进行剿匪海战56次，歼灭海匪数百人，击沉、击伤、俘获艇船52艘。与此同时，华东军区陆、海军部队先后进剿嵊泗列岛、崎岖群岛以及洞头、南田等岛屿，解放被海匪盘据的岛屿50多个。至1953年底，华东地区剿匪作战取得全面胜利，共歼灭土匪24.6万余人，其中海匪7800人，缴获各种炮400余门、各种枪11.2万余支(挺)。
中南解放区，国民党正规军被逐出中南六省后，其残余武装分散退入山区，流窜为匪。国民党当局有计划地留置大批潜藏特务，收编各地惯匪、地主流氓武装，纠合封建会道门势力，建立形形色色的“反共救国军”，散布在豫西、鄂西、鄂豫皖边、赣东北、赣南、湘西、湘南、粤北、粤西、珠江三角洲、桂东南、桂西等广大地区和边缘地带。广西解放前夕，白祟禧所指挥的国民党残余部队10余万人退广西老巢，企图死守广西。广西解放后，他们在蒋介石集团的策划和指挥下，以“反北佬”、“反征粮”为口号，逼民为匪。据不完全统计，成股的匪特武装多达l00多万人。这些反动武装同新建立的人民政府对抗，不断制造暴乱，破坏交通、纵火投毒，行凶抢劫，严重威胁政权的巩固和社会安宁，广大群众深受其害。为清除匪患，安定民生，1949年4月至1953年6月中国人民解放军中南军区所属野战部队和地方武装，先后调集野战部队46个师，地方武装7个师、3个旅、82个独立团，运用集中兵力，重点进剿，分片包干，限期完成的战略，在豫、鄂、赣、湘、桂、粤、桂六省区对国民党残余及国民党组织的匪特武装进行清剿作战。湖南军区对湘西、常德太浮山区、邵阳龙山等几个重点区内的股匪展开进剿，广东军区对盘踞于北江、珠江三角洲、南路及沿海岛屿上的股匪实施围剿，广西军区对桂南地区的匪特进驻围剿，共歼敌1l万人。7月，中南军区根据朝鲜战争爆发后的新形势，加强海边防力量，加快剿匪进程，在湘西与鄂、川、黔、桂相邻的边界地区联手围歼残匪；在广东着力扫除北江、粤西地区残存股匪，堵塞其内窜外逃通道。至次年5月中南地区公开活动的股匪被消灭。
西南解放区，匪患最为活跃。土匪们凭借险山恶水，野岭荒坡，拦劫军车，抢夺钱财，杀人越货，危害四方。国民党反动统治者妄图把该地区作为反攻复国的游击根据地，因此不但大批参加国民党在溃败前夕开办的“游击干部训练班”的特务分子、封建恶霸、流氓和游勇散兵的反动特务分子聚集在这里，而且他们在这里所作的反革命部署也就较其他地区更为周密。据材料统计，反革命武装川东区约有3万余人，川南区约有2万人，在川北、川西、西康、贵州的活动也异常频繁。西南才刚刚解放，人民只过上几天安生的日子，现在又出现如此的混乱局面，这些都严重影响共产党在人民心目中的威信。剿匪已成为西南全面的中心任务，不剿灭土匪，一切无从着手。针对四川等地剿匪斗争初期不利，党内部分同志对匪患发生的原因、政治性质及剿匪的长期性、艰巨性的情况，中共中央西南局、西南军区的主要领导及时对干部战士的思想进行了调整。西南军区政委邓小平号召全体指战员将剿匪斗争作为“第二次淮海战役”来打。云南是中国大陆解放最晚的省份之一，又是和平解放，帝国主义势力和封建势力基本未予触动，土匪武装、地霸武装及土司武装、国民党特务、反革命分子、散兵游勇等拥有大量制式武器，因此匪情也特别严重。1950年3月15日，为彻底歼灭聚集在边远地区的大股土匪和清除各地隐藏潜伏的特务匪首，中共中央西南局、西南军区共同下达了《关于组织一元化剿匪斗争的指示》，要求各军区、军分区至县、区、乡、保都应成立剿匪委员会，作为一元化剿匪领导的组织形式，并以此进一步发动与组织群众，开展地方工作。组织一元化的剿匪斗争后，西南的剿匪斗争才由初期的被动状态逐步转入主动。
各地的剿匪委员会按照上级部暑，分集中围剿、分区驻剿、会剿清剿三个阶段，最大限度地发动和组织群众参加到剿匪斗争中；部队实行包干制，对一定的地区负责包剿，形成了党政军民轰轰烈烈的剿匪局面。由于干部群众的共同努力，形成众人合围土匪的局面，土匪就无处藏身。涪陵、南川、巴县运用铁壁合围战术，基本达到了剿一块化一块的目的。美国出兵朝鲜并占据我国领土台湾后，麇集各边界地区的股匪人数也骤然增加，匪徒趁机向外窜扰，进行抢劫破坏。西南军区经中央军委批准，与湖北恩施军区、湖南湘西军区、广西宜山、百色军分区及陕西陕南军区部队取得联系，共同开展边界大会剿，会剿部队密切配合，互相支援，彻底歼灭了流窜在各边界地区的股匪。西南地区的剿匪斗争历时两年半，至1952年秋，已歼匪116万名，10人以上的股匪已全部消灭。
经过1950年至1953年三年的剿匪斗争，人民解放军歼灭匪特武装240余万人，在全国范围内基本上平息了匪患。
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