成矿谱系是以矿床成矿系列的形式描述的成矿作用在地质历史上的演化关系，与成矿构造环境的演化具有密切的联系。
西南三江的成矿作用非常复杂，从元古宙（不排除存在太古代成矿作用的可能性）到新生代均发育，但不同阶段的成矿作用明显不同。元古宙在裂陷拉张环境中发生了大规模的与海相火山作用有关的成矿作用，形成了大红山等地的铁-铜铅锌矿床；晋宁期发生了普遍的有机质-生物成矿作用，形成了大量的磷矿床，并且随着大量的各种类型岩浆岩的侵入形成了包括超大型石棉矿床在内的金属和非金属矿床；海西期随着大规模基性超基性岩的喷发与侵入，发生了岩浆成矿作用，形成了攀枝花等地的超大型钒钛磁铁矿矿床和一批重要的铜镍铂族元素硫化物矿床以及星罗棋布的铅锌矿床；印支期-燕山期随着古特提斯洋的消亡，发生了强烈的造山运动和有关的成矿作用，在四川西部地区甘孜-理塘造山带形成了一系列变质矿床和岩浆热流体矿床，如丹巴的白云母矿床和甲基卡、龙须卡等地的伟晶岩型稀有金属矿床；新生代的三江地区处于大陆演化的新阶段，并出现南北分异和壳幔结构的垂向分异，成矿作用趋于复杂化（表5-6）。
表5-6 西南三江地区新生代成矿谱系 Table5-6 Cenozoic mineralization pedigree
图5-6 三江地区新生代矿集区分布概图
Fig.5-6 Distribution map of Cenozoic mineralization clusters in the Sanjiang region
1—花岗质岩；2—前寒武变质岩；3—古生界；4—中生界；5—新生界；6—时代明确的金矿；7—未测年的金矿；8—铜矿；9—砂矿；10—铅锌矿；11—煤矿；12—成熟的矿集区；13—近期可扩大规模的矿集区；14—潜在的矿集区；15—主要断裂
从图5-6大致可以看出，西南三江地区东北部和西南部均有从中生代延续下来的主要由变质作用和岩浆作用构成的成矿作用，东北部丹巴地区的岩浆-变质-热作用是一个从印支运动开始持续到新生代的长周期构造-成矿事件，云南西南部腾冲等地的岩浆作用也是从中生代开始的，而变质作用在早、晚第三纪过渡的时期在高黎贡山和哀牢山达到峰期变质。这样，在三江的西南部和东北部各有一个与变质作用有关的矿床成矿系列。从丹巴变质矿床成矿系列（M2）分布区向南、沿大渡河一带的老变质岩——康定杂岩中存在一个受到构造作用控制、主要由流体作用形成的以金为主的矿床成矿系列（F3）、呈弧形从NW向甘孜-理塘大规模剪切-走滑构造带、经大渡河构造带呈NS向延伸到云南东川一带。从高黎贡山-哀牢山变质成矿系列分布区向北也存在一个弧形分布的流体成矿系列，但形成的主要是铅锌、银、铜、锶、天青石、石膏、金、锑、砷矿床成矿系列（F1）。与铅锌成矿系列（F1）大致同一位置的还有金沙江-红河成矿带与始新世后期富碱斑岩有关的铜、钼、金、银、铅锌成矿亚系列（I5-5），而与大渡河金矿成矿亚系列在同一位置的还有龙门山-锦屏山与中新世碱性岩-碳酸岩有关稀土成矿亚系列（I5-3）和折多山与中新世陆内花岗岩有关的金、铅锌、钨锡成矿亚系列（I5-1）。再往中间去，则在云南北部和四川北部的中部形成了与始新世-渐新世富碱斑岩有关的金、铜、银、铅锌、蓝石棉成矿亚系列（I5-4）。这样，西南三江地区有从边部的变质作用、壳源岩浆作用和流体作用开始、向中部的幔源、壳幔混合源岩浆作用发展的趋势，但这种趋势又是很不平衡的，主要是由四川和云南地壳的演化和壳幔相互作用的不同特征所决定的。
地壳发育的不均衡性对于表生成矿作用同样具有控制意义。以云南为例，新生代的聚煤作用开始于渐新世，先在三江褶皱系南段、现北回归线附近的一些燕山期形成的小盆地内形成泥炭沼泽，如景谷盆地和沧源芒回；进入中新世，众多的新生代盆地接受沉积并形成泥炭沼泽，在喜马拉雅运动的制约下，有些盆地沉降的速度与植物堆积速度相近，形成比较稳定而厚大的煤矿，如扬子地台区的开远小龙潭、寻甸先锋；有些盆地则由于受到构造运动的明显影响而导致盆地沉降与植物堆积的不平衡，多形成厚度不大但层数不少的泥炭沉积，如建水漾田、蒙自雨过铺和三江构造带的芒市、盈江、景洪小勐养等；到上新世，随着喜马拉雅运动进入新的阶段，又一批新的盆地开始沉降并接受更大规模的泥炭堆积，如昭通、罗茨大猪街、宜良可保、曲靖越州、弥勒跨竹、保山、龙陵大坝、寻甸金所等。晚第三纪是主要的聚煤期，在山间盆地中形成了与沉积作用有关的煤（含锗、铀）、油页岩、硅藻土矿床成矿系列（Sc2），典型矿床有昭通、小龙潭、先锋等地的煤矿。先锋（