第二次鸦片战争后，清政府被迫于1858年同英、法等国签订《天津条约》，将登州(今山东省蓬莱市)列为通商口岸，英领事考察发现登州港口水浅，便以邻近的烟台顶替。1861年8月22日烟台港对外开放，同时设立了东海关，翌年又设立东海常关。清同治年间为便于港口税收管理，东海关建造了烟台港第一座重力式码头——海关码头。接着又建造了崆峒岛灯塔，大大方便了海船的夜间航行。
1901年～1921年，烟台港先后建成东西公共码头和东、西防波堤。30年代末，港口年吞吐量已达68万吨。此后，烟台港江河日下，到1949年，港口吞吐量仅4.7万吨。
中华人民共和国成立后，烟台港进入全新发展时期。1953年4月1日政务院、中央军委发布命令，开放上海、青岛、烟台三港口。1954年建成5000吨级泊位1个，结束了烟台港相沿百年的过驳装卸方式。1956年元旦，蓝(村)烟(台)铁路建成通车，扩大了烟台港腹地，促进了港口建设。1973年～1979年，烟台港大规模扩建，客货泊位增加到12个，其中万吨级泊位3个，码头岸线延长到1600余米，新建前方仓库4座，修整铺盖沥青地面货场8.4万平方米，港口设计通过能力增加到301万吨。
中国共产党十一届三中全会后，烟台港进行了全面的企 业整顿，落实了经济责任制，推行了全面质量管理方法，企业素质发生了深刻变化，荣获“全国质量管理奖”、“全国企业管理优秀奖”等十余项国家级荣誉。随着国家改革开放的深入发展，烟台港的建设也进入了飞速发展的时期，1982年，1号泊位（客运浮码头）改建成重力式码头（现K4泊位）。1984年，完成南岸壁客运码头改造工程，建成了13号客运泊位和14号港作船泊位（现为K2和K3泊位）。1989年，建成烟台至大连客滚船码头。根据国民经济的发展需要，烟台港一、二、三期建设工程被列为国家重点项目。其中，西港池一期工程于1990年9月竣工投产，建成6个深水泊位，增加年吞吐能力390万吨。二期工程于1997年9月竣工投产，建设多用途、钢铁、盐杂等6个深水泊位，年设计通过能力340万吨。1996年6月，烟台港国际客运站旅检厅正式启用。同年12月，一座连接渤海海峡南北两侧公路主干线的烟台至大连汽车轮渡码头竣工。为适应世界航运集装化和大型化的发展趋势，自1997年起开始进行三期工程建设，该工程规模为7个深水泊位，年设计通过能力390万吨。其中第一阶段建设集装箱深水泊位（-14米）和散杂货深水泊位（-16米）各两个，于2001年12月竣工并通过国家验收，新增设计通过能力255万吨。烟台港三期工程（二阶段）于2004年10月8日正式开工建设，建设-20米深水码头608米，码头结构为重力式大沉箱。港池、航道水深-17米，工程总概算约4亿元，总工期2年。为适应内贸集装箱的发展，2002年6月烟台港西港池顺岸码头（38、39号泊位）扩建工程开工建设。建设规模为3万吨级内贸集装箱泊位1个，2万吨级多用途泊位1个，设计年吞吐能力96万吨，其中内贸集装箱10万标准箱，杂货16万吨，工程于2004年4月竣工。到2004年烟台港全港共有泊位49个，其中万吨级以上泊位23个。货物吞吐量可达5000万吨，集装箱吞吐量55万标准箱，客运吞吐量400万人次。
