1. 办学经费不同。民办学校的办学经费要靠自筹，主要是来自企业;而公办学校则是国家拨款，大部分办学经费都是来自政府。这也是民办学校的费用要比公办学校高的主要原因。
2. 主管部门不同。我国的民办高等院校一般都是由院校所在的省、市、自治区的教育斤或是教委主管:而公办高等院校则是由院校所在的省、市、自治区级政府主管。
3. 师资不同。师资力量上有些民办院校的确不及公办，但是少数非企业性民办院校则不同，其讲师大部分是高薪从重点大学名牌院校聘请。
4. 学校管理不同。民办学院的生存是取决于在校生的多少因此民办院校相对于公办院校来说，知名度、美誉度要更重要些，所以民办学校在管理上会更加严格。
5. 学生就业方面不同，民办院校为了生存必须保住学生其就业的安排;而公办院校重视的不是就业而是学生的考研率，或是学位的取得率
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