小规模纳税人季度发票超过30万，首先检查一下开具发票的事项，从中发现是否有重复或者错开的发票，如果有就在当月作废，保留好作废的发票和存根，再交税务机关查验。如果真实情况就是超过30万，超过了季度减免限额，那就应当按照应纳税额缴税。
小规模纳税人说的是年应征增值税销售额500万元及以下的纳税人，税率是3%。根据相关税收减免政策，小规模纳税人季度销售额不超过30万元的，不需要缴税。但是季度销售额超过30万元，就需要全额缴税。但是小规模纳税人销售货物只能开具普通发票，开具增值税发票需要到税务机关办理。取得增值税专用发票不能抵扣进项，只能用作成本冲减所得税应纳税额
和小规模纳税人相对应的是一般纳税人，两者主要区别就是销售额，根据销售额的增减变化，两者也可以相互转化。相对于小规模纳税人来说，一般纳税人也有一定的优势，它可以开具税率为13%的增值税票;可以享受出口退税(适用13%税率的境外旅客购物离境退税物品，退税率为11%;适用9%税率的境外旅客购物离境退税物品，退税率为8%)，既可开具普通发票，亦可自行开具增值税专用发票。
从上面的情况来看，小规模纳税人的税率也可能超过一般纳税人，所以在选择纳税主体上，就要根据自身经营情况了。