合肥工业大学是一所综合性大学，拥有19个博士学位授权一级学科、3个博士专业学位授权点；39个硕士学位授权一级学科、21个硕士专业学位授予点。在校友会2023中国大学一流专业排名（研究型）中，合肥工业大学位居全国第69名，共有1个专业评级为中国七星级专业（7★），2个专业评级为中国六星级专业（6★），14个专业评级为中国五星级专业（5★），40个专业评级为中国四星级专业（4★），15个专业。
以下是一些值得选择的王牌专业：信息管理与信息系统、车辆工程、资源勘查工程、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、机械设计制造及其自动化、制药工程、食品科学与工程、物联网工程、材料成型及控制工程、建筑学和土木工程。