你这个问题有点大，也难以有一种确定的模式，因为各单位的情况不同，不同的企业性质、不同的生产流程、不同的机构设置、不同的人员组成，等等因素都决定了这个问题的不确定性。
但这个问题也并不是一点头绪都没有。我想要很好地领会管理的其中奥秘，推荐你看一本书，美国的管理学大师中的大师，彼得·德鲁克的《管理的实践》，这是现代管理学的奠基之作。
书中提出，管理的本质就是：管理企业、管理管理者、管理员工和工作。你的问题基本包含在管理管理者这块内容中，主要是目标管理和自我控制方面的问题。
从我个人的实践，我认为协调公司各部门间的关系，主要解决以下几个方面的问题：
其次，在找准产生问题的原因的基础上，就可以对症下药，有针对性地采取措施加以解决。
如果是由于职责划分不清，那就是公司领导者的责任了。尽管很多事是需要多部门合作完成的，但基本上也可以分清责任。不要太鼓励其他部门去帮助某一个部门完成本应由他们自己完成的工作，尽管相互帮助看起来是一个团队精诚合作的表现。这在企业兴建之初尚可偶尔为之，但当发展到一定阶段，形成规范化管理后，这种做法应尽量避免。
如果是领导评价不公，这就是要领导自我检讨的了。尽管领导会对某些人赞赏有加，对某些人因为工作不力而心存不满，但在评价时要尽量客观公正，让大家心服口服。有时领导无意识地赞扬某一个人，在员工心中就会造成一种印象：领导对他很好。于是他们会表面上怕他，而心底里又嫉恨他。其实这样对他也是不利的。
如果是某些部门太嚣张，特别是一些实权部门，如财务部、业务部，往往会认为自己的规定是最重要的，人家都要遵照执行。如财务部总是会拿财务制度说事，要求人家如何遵守，岂不知什么事都可以变通的。如业务部总会认为业务开拓是最重要的，其他部门都要配合，岂不知各部门都有各部门的重要性，大家都是为了一个共同的目标在努力的。
企业需要的管理原则是：能让个人充分发挥特长，凝聚共同的愿景和一致的努力方向，建立团队合作，调和个人目标和共同福祉的原则。
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