两者之间的区别有承担的费用不同、缴费基数不同、缴费比例不同、补贴政策不同、退休年龄不同。
1.承担的费用不同：灵活就业养老保险由个人承担全额的社会保险费，职工养老是由企业缴纳，养老保险费是企业和职工共同承担的。
2.缴费基数不同：灵活就业人员的缴费基数可以根据自身情况选择，缴费基数范围一般为参保地上年度社会平均工资的60%-300%，大部分灵活就业参保人员为了减轻养老保险缴费压力，会选择按照最低缴费基数来缴纳。单位职工所缴纳养老保险缴费基数是根据职工本人月均工资确定的。
3.缴费比例不同：灵活就业养老保险缴费比例通常为20%左右，全部都由参保人员自己承担，其中12%的缴费进入养老保险统筹账户当中，8%缴费进入到个人养老账户。单位职工养老保险缴费由单位和职工个人共同承担，单位缴费比例目前大多为16%，个人缴费比例为8%左右，也就是说职工自己只需要承担8%的缴费比例，个人所缴纳的养老保险费用进入到养老保险个人账户当中。
4.补贴政策不同：国家为了促进职工就业，稳定就业困难人员的岗位。对于企业招纳就业困难人员可以享受社保补贴，但是享受补贴的范围仅限于企业负担的社保部分。而灵活就业人员实现自我就业的话，这一部分钱是补给自己的，最高不超过个人负担的2/3。
5.退休年龄不同：女性灵活就业退休年龄是55岁，也有部分灵活就业女性50岁就可退休。男性职工的退休年龄是60岁，女性职工是50岁，女干部人员是55岁。