控矿因素包括控矿构造、赋矿地层、岩浆活动和成矿物质来源等，西天山和东天山成矿区铜金多金属矿床的形成不同程度地与这些控矿因素有关。
（一）控矿构造对比
西天山和东天山成矿区铜金多金属矿床均受近东西向的深大断裂控制，部分金铜矿床还受近东西向韧性剪切带或火山机构或南北向断裂控制，具体的异同点如下：
西天山：铜金多金属矿床除了受近东西向的深大断裂控制外，有些铜金矿床还受火山机构控制，如：达巴特斑岩型铜矿、阿希浅成低温热液型金矿和塔吾尔别克浅成低温热液型金矿，有些还受近南北向断裂控制，如：喇嘛苏斑岩-矽卡岩型铜矿床、群吉萨依斑岩型铜矿床、阿希浅成低温热液型金矿床和塔吾尔别克浅成低温热液型金矿床（见表3-1）。
东天山：铜金多金属矿床除了受近东西向的深大断裂控制外，多数还受近东西向韧性剪切带控制，如：土屋-延东斑岩型铜矿床、小热泉子热液型铜锌矿床、黄山铜镍硫化物矿床、康古尔韧性剪切带型金矿床、垅西石英脉型金矿床和大青山黑色岩系型金矿床，有些受火山机构控制，如：石英滩浅成低温热液型金矿（见表7-1）。
（二）赋矿地层对比
西天山和东天山成矿区主要铜金多金属矿床赋矿地层主要为上古生界（见表3-1，表7-1），少数矿床为中元古界或上志留统，具体的异同点如下：
西天山：西天山成矿区主要铜金多金属矿床赋矿地层主要为上古生界（见表3-1），只有喇嘛苏斑岩-矽卡岩型铜矿床和莱历斯高尔斑岩型铜矿床分别为中元古界和上志留统。与成矿关系最密切的是下石炭统大哈拉军山组和下二叠统双峰式火山岩，该两套岩石中铜金多金属矿化非常普遍，表生的孔雀石化非常发育，目前西天山多数金铜多金属矿床产于上述两套地层中。
东天山：东天山成矿区主要铜金多金属矿床赋矿地层均为上古生界（见表7-1），主要赋矿地层为石炭系中基性火山岩、火山碎屑岩和沉积岩等，如企鹅山群、小热泉子组、雅满苏组等，以及二叠系双峰式火山岩。
（三）岩浆活动对比
西天山和东天山成矿区控制主要铜金多金属矿床的岩浆活动多数发生在海西期（见表3-1，表7-1），只有东天山白山斑岩钼铼矿床矿区的侵入岩为印支期（Zhang et al.，2005），具体的异同点如下：
西天山：西天山成矿区控制主要铜金多金属矿床的岩浆活动多发生在海西期（见表3-1），侵入岩多为中酸性岩，岩浆活动对成矿作用的控制在西天山较明显，如喇嘛苏、达巴特、莱历斯高尔和群吉等铜多金属矿床的形成与钙碱性高侵位的斑岩有关，五台石英脉型金矿床的形成也直接与海西期中酸性岩浆活动有关，上述铜金多金属矿床含矿主岩也为这些中酸性侵入岩。
东天山：东天山成矿区控制主要铜金多金属矿床的岩浆活动多发生在海西期，少数为印支期（见表3-1）。岩浆活动的成矿专属性在东天山也较为明显，海西中晚期的中酸性斑岩体与斑岩型铜矿成矿关系最密切，海西晚期基性—超基性杂岩体与铜镍矿成矿关系密切，均为直接的含矿主岩。海西期中酸性岩体与矽卡岩型铜银多金属矿床关系密切。印支期花岗闪长（斑）岩为白山斑岩型钼铼矿床的含矿主岩。
（四）成矿物质来源对比
西天山和东天山成矿区主要铜金多金属矿床成矿物质多数来源于火山岩和岩浆岩（表见3-1，表7-1），根据Sr，Nb，S和Pb同位素资料，这些火山岩和岩浆岩具有地幔来源性质，主要金铜多金属矿床的成矿物质也具有一定的地幔来源特征（洪大卫等，2003）。成矿流体多为岩浆水与大气降水的混合（见表3-1和表7-1），具体的异同点如下：
西天山：斑岩型铜矿的成矿物质主要来源于深部中酸性岩浆，成矿流体为岩浆水与大气降水的混合；浅成低温热液型金矿成矿物质主要来源于火山岩和深部中酸性岩浆，成矿流体主要为大气降水；陆相火山岩型铜矿的成矿物质来源于陆相火山岩；石英脉型金矿成矿物质来源于碎屑岩和深部岩浆岩，成矿流体主要为岩浆水。
东天山：斑岩型铜矿和浅成低温热液型金矿的成矿物质主要来源于火山岩和深部中酸性岩浆，成矿流体主要为大气降水；铜镍硫化物矿床成矿物质主要来源于深部基性—超基性岩浆；热液型铜矿成矿物质主要来源于火山岩和深部中酸性岩浆，成矿流体为岩浆水与大气降水混合；矽卡岩型铜矿的成矿物质主要来源于深部岩浆；石英脉型金矿成矿物质来源于火山岩和深部岩浆，成矿流体主要为岩浆水；黑色岩系型金矿成矿物质主要来源于黑色岩系，成矿流体主要为大气降水。