顺治初年，虽然南明弘光政权、李自成军被清军相继摧毁，但全国各地的反清活动还是暗流涌动。特别是汉中地区，甘川陕三省要地，民风剽悍，由于清军南下，汉中守备空虚，反抗更烈，一些原已降清的将领再次揭竿反清。
顺治二年（1645）底，汉中总兵贺珍在汉中起兵反清；孙守法、武大定等分据兴安、徽州等。一时间，汉中频频告急。平定李闯军后回镇锦州的吴三桂被多尔衮再次起用，出镇汉中。顺治五年（1648）四月，吴三桂离京西征。他的搭档“墨尔根”侍卫、定西大将军李国翰已先期到达汉中。腊月，大同总兵姜瓖在大同起兵反清。姜瓖原为明将，先后降李闯降清。降清后备受冷落，连军饷都难以为继。
顺治五年九月，英亲王阿济格为防喀尔喀蒙古进犯，驻防大同，引起姜瓖警觉。姜瓖起事后，全秦各地群起响应。延安营参将王永强顺势叛清。王永强原为边民起义军，后招为明将，兵败降李闯，再败降清，仍授为延安营参将。降清后，王永强的日子并不爽。更让王永强气愤的是他的杀母仇人王正志于顺治五年八月出任延绥巡抚，这可是王永强的顶头上司。
王永强与王正志系同乡，都曾为边民起义军，两人因争军功招致不和。后，王正志杀害了他的母亲。听闻大同总兵姜瓖起事，王永强率部响应，杀向仇人王正志的驻地榆林，杀死王正志。其弟王永镇也起兵杀死了延安知府宋从心。豪强高有才与王永强相互呼应，在神木揭竿。
一时间，陕北一带遍地烽火。王永强率部攻下延安后，一路南下，所到之处，重创清军。清地方官员或杀或囚或降。靖远道夏时芳被杀，宜君知县贾士璋全家自缢，榆林道孙士宁投降王永强。1649年三月，王永强到达蒲城，直指西安。
顺治六年（1649）三月十三日，吴三桂、李国翰率部到达咸阳，决定兵分三路直指延安。二十三日，吴军与王永强部在流油镇以北遭遇。王永强部多系边民，剽悍善骑射，吴三桂军大败。吴三桂见硬拼不成，只得智取。他令士兵将头盔衣甲战马等丢弃不顾，佯装仓惶跑路。而王永强部在争拾弃物之际，吴军回头反扑。是役，王永强部7000余人被歼，王永强战死，王永镇逃脱。
随后，吴三桂向蒲城发起攻击。在战斗中，吴三桂险些被炮弹击中毙命。事后，多尔衮曾要求吴三桂有战事不必冲锋陷阵，只需发纵指示即可，这是后话。吴三桂降清以来，鲜有败绩，此战被吴三桂视为奇耻大辱。清军破城后，恼羞成怒的吴三桂展开血腥屠城，万余名百姓被戮，清军将百姓家财抢劫一空。
老百姓无处藏身，一些人纷纷躲进南北两塔中。吴三桂指示清军用烟熏塔内百姓，致塔内百姓窒息而亡。吴三桂血洗蒲城，于私来讲，为平心头差点命丧蒲城之恨；于公来讲，亦为震摄川陕各地风起云涌的叛清活动，杀一儆百。