法律分析：小产权房法院不能查封。小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村颁发，亦称“乡产权房”。“小产权房”不是法律概念，是人们在社会实践中形成的一种约定俗成的称谓。购房合同在国土房管局不会给予备案。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百零二条 人民法院在必要的时候，可以采取保全措施，查封、扣押或者冻结被告人的财产。附带民事诉讼原告人或者人民检察院可以申请人民法院采取保全措施。人民法院采取保全措施，适用民事诉讼法的有关规定。