表面上看，物理印章以实体形式存在，使用于纸质文档中，与之相对应，电子印章的形式可以直接加盖在电子文件上，免去了文件打印、寄送等繁琐步骤。
但是我们不妨再深层次比较电子印章与物理印章的不同，可以看出在印章使用效率、成本以及风险控制等方面，二者也存在区别：
电子印章以网络环境为媒介，以数字签名、信息加密为核心，实现印章管控可追溯、电子化、移动化，提升公司印章管控能力。
使用物理印章有哪些问题？
1、印章种类多，统一监控难度大：公司印章一般分为公章、财务专用章、合同专用章、法定代表人章、发票专用章。由于分子公司、下属部门的不断扩大，印章数量不断增加，统一监管越来越难
2、用印频次高，台账记录不精准：纸质合同盖章时一般需填写台账。但是填写易错写、漏写、涂改，台账对风险防范和用章监督的作用不大。
3、异地协同难，往返寄送成本高：分支机构用章需将纸质文件寄送至总部盖章后再回寄。分支机构经营自主权降低、印章使用成本增高
4、真伪鉴别难，印鉴鉴定程序繁：物理印章印鉴外观极易仿制，加之真伪鉴定程序繁琐、滞后，给印章伪造等不法行为留下可趁之机
与物理印章使用不足相比，电子印章可以改善效率、风控能力以及降低成本：
1、盖章在线化，协同安全高效：电子化的用章流程通过在线模式，取消区域、时间对盖章的限制，对跨区域经营的企业改善协作与沟通效率十分重要。
2、管章集中化，总部管章集权：可以实现印章使用权限统一管控，物理印章集中收归总部。无论是内部部门用章还是异地分支机构盖章，可规避印章偷用盗用等违规用章行为。
3、过程可追溯，电子数据留存：电子印章使用的每一次记录做数据留存，用印时间、用印身份、印章种类、用印合同内容等信息可实时审计，为公司管理人员监管审计、防范风险提供有效凭证。
4、归档电子化，调阅管理受控：对于数据化存储的合同文件，电子合同服务商会同权威公证处提供公证服务，当合同产生纠纷可一键出证提供权威公证书，为用户提供维权保障。
1、介质不一样。电子印章一般只用于电子文书，传统实物印章应用于纸质文书。
2、防伪技术不同。电子印章所基于的数字签名技术，容易验证，安全性更高。而传统实物印章，由于生产技术相对简单，且缺乏经济便捷的验证手段，容易被仿冒。本回答被提问者采纳
1．共同点：
(1)具有相同的视觉效果；
(2)不允许存在两个（或以上）有效的电子印章实体，即不允许有备份；
(3)使用管理手续相同；
(4)在满足有关法律的前提下，电子印章的使用具有和传统印章相同的法律效力。
2．差别：
(1)传统的印章有相关的管理法规，而电子印章的相关管理法规尚未出台；
(2)所基于的防伪技术不同，电子印章所基于的数字签名技术，真正实现了难以假冒，安全性更高；
(3)电子印章通常只用于电子文书；
(4)通过普通打印机将带有电子印章的电子文书打印在纸介质上时，其法律效力相当于原件的复印件；
(5)通过专控打印机将带有电子印章的电子文书打印在纸介质上时，其法律效力还只限于系统内部。