有影响，属于开具发票“三流不一致”。需要让客户重新以自己名称打款过来，再将收到的之前别客户款原路退回。
公司开具发票的购货单位与实际付款方不一致，此种情况会有虚开发票的涉税风险。该客户取得的增值税专用发票，进项税不得抵扣。
根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知 》国税发〔1995〕192号（三）规定：
购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
扩展资料：
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知 》国税发〔1995〕192号（三）说的是“三流一致“，是指资金流（银行的收付款凭证）、发票流（发票的开票方和收票方）、货物流一致。“三流不一致”的情形有：
一、善意取得
根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）可知，认定虚开的增值税专用发票是否属于善意取得需要满足四个条件：
1、货方与销售方存在真实的交易。存在真实的交易是善意取得虚开专用发票的前提条件，如果不存在真实的交易，无论形式上是怎样吻合，都属于虚开；
2、销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票。对此条件的理解不能简单的认为，不是销售方所在省份的专用发票就是假发票，因为就算是其他省份的发票也未必是假的。这样规定，是因为如果是外省的发票，受票人更应对此尽到合理的注意义务；
3、专用发票上填写的主要内容真实有效。主要包括销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等内容；
4、没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。对于非法手段获得的发票和伪造的发票，以应受票人存在主观明知为前提，如果确实不知情，且符合前述其它条件的，仍可认定其为善意的受票人。
二、“先卖后买”的行为
所谓“先卖后买”，是指行为人将货物销售给下家在前，从上家购买货物在后。在种交易当中，为了节约成本，货物并不通过“上家—行为人—下家”的运输路径，行为人往往会让上家直接把货物运输到下家指定的地方，但是这样就造成了货物流的不一致。
参考资料：百度百科-国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知-国税发[1995]192号
参考资料：百度百科-增值税
我想他应该开了两家公司，打款时名称打错了，打成另外一家公司的，这样的话没影响吗？
本回答被提问者采纳所以最好要求客户出具一份说明，由第二家公司来偿还此笔款项，两家公司盖章确认。本回答被网友采纳