由于男性和女性的生殖系统有各的特点，肾功能和代谢肝脏代谢功能也是存在差异的，因此在服用同样的药物的时候，其药物代谢的动力学和药物动力学的特征可能会不同，从而导致了药物的疗效和不良反应有所差异。药物在男性和女性中的差异应当人们的引起重视。药物的吸收和代谢与不同性别间某种特殊疾病的不同特征有关，出现副作用的风险各异。
特殊时期慎用药，毕竟每个月总有那么几天，生理结构上的区别让男性和女性都有一些用药的特殊时期。女性的子宫内膜会周期性脱落，形成月经。在经期及月经来潮前几天，女性应该避开一些药。如激素类药物会影响内分泌系统，在月经期间服用容易引起月经周期、行经时间及经血量异常；阿司匹林会使月经量增多；香豆素、肝素、溶栓剂等抗凝药可能会引起大出血，不宜在经期使用。此外，经期还应慎用阴道栓剂。中年后，男性的前列腺功能逐渐退化，而扑尔敏附带的抗胆碱作用会使膀胱逼尿肌松弛、收缩力降低，加重前列腺增生的症状，让排尿更加困难。建议中老年男性应慎用扑尔敏，以防其对前列腺的影响。
调整剂量。唑吡坦类安眠药的体内清除速度女性明显慢于男性，副作用更敏感，第二天的觉醒度降低，尤其是清晨的驾驶风险升高。调整用药间隔时间。成年女性体内脂肪含量平均为16.5千克，男性为13.5千克，因此，女性服用脂溶性药物后，利用度更高；研究发现，青春期前女性服铁剂后，45%能进入红细胞发挥作用，男性仅为35%。对于这些药物，男性可遵医嘱增加药量或缩短用药间隔，以更好发挥药效。女性的痛觉更敏感，往往需要稍大剂量的止痛药，才能获得和男性一样的止痛效果，可在医生指导下缩短用药间隔，但不可过于频繁使用；很多抗凝药在体内需要和蛋白质结合才能有效发挥作用，而男性通常肌肉较多，服这类药的效果较好，一般不建议缩短间隔使用。
用药后的处理。哮喘喷剂用后要漱口，否则激素可能在体内长期累积。更年期女性的内分泌发生变化，容易出现骨质疏松，用药后更需要注意此问题。女性服用避孕药等光敏性药物时，要做好防晒工作，尽量避免在阳光强烈的时间出门，最好涂抹防晒霜，必要时打遮阳伞。停用这类药物3～5天内，仍要注意防晒。男性使用四环素等光敏抗生素时，也应注意类似问题，只有了解这些，才能更健康的生活。