从宪政理论角度看，按照欧洲思想家洛克（John Locke）、孟德斯鸠（Charles Louis de Secondat Moutedquieu）、卢梭关于限权政府、分权制衡、主权在民的宪法和制度设计原则，行政权、立法权和司法权的职能和权限应当严格区分，相互独立，彼此之间“井水不犯河水”。另外，在分立的三权之中，如果一定要判定哪一权处于更优越的地位，那显然应是拥有民意基础的立法权，无论如何也轮不到非民选的司法部门占据至高无上、一锤定音的权威地位。 这样，马伯里诉麦迪逊一案实际上使马歇尔大法官陷入了一种左右为难、必输无疑的两难困境。他当然可以正式签发一项执行令，命令麦迪逊按照法律程序发出委任状。但麦迪逊有总统兼美军总司令杰弗逊撑腰，他完全可能对最高法院下达的执行令置若罔闻。可是，如果马歇尔拒绝马伯里合理的诉讼要求，那就等于主动认输，承认最高法院缺乏权威，无法挑战行政部门高官目无法纪的举动，不仅愧对同一阵营中的联邦党人战友，而且使最高法院颜面扫地。 经过半个多月的苦思冥想，他终于琢磨出了一个两全其美的绝妙判决，令后人拍案称奇，赞不绝口。马歇尔的判决既表现出司法部门的独有权威，又避免与行政当局和国会迎头相撞、直接冲突.马歇尔在判决中首先提出了三个问题：第一，申诉人马伯里是否有权利得到他所要求的委任状？第二，如果申诉人有这个权利，而且这一权利受到侵犯时，政府是否应该为他提供法律救济？第三，如果政府应该为申诉人提供法律救济，是否是该由最高法院来下达执行令，要求国务卿麦迪逊将委任状派发给马伯里？ 答案都是肯定的。可是，马歇尔在此突然一转，他引证宪法第3条第2款说：“涉及大使、其他使节和领事以及以州为一方当事人的一切案件，最高法院具有原始管辖权（original jurisdiction）。对上述以外的所有其他案件，最高法院具有上诉管辖权。” 如果把马歇尔的上述引证换成一句通俗易懂、直截了当的大白话，那就是说，马伯里诉麦迪逊案的当事人既非外国使节，也不是州政府的代表，所以最高法院对这类小民告官府的案子没有初审权。马伯里告状告错地儿了。按照宪法规定的管辖权限，马伯里应当去联邦地方法院去控告麦迪逊。如果此案最终从地方法院逐级上诉到最高法院，那时最高法院才有权开庭审理。 可是，富商马伯里高薪聘请的律师、前任联邦总检察长查尔斯·李并非不懂诉讼程序的外行，他之所以一开始就把马伯里的起诉状直接递到了联邦最高法院，依据的是国会1789年9月通过的《1789年司法条例》第13款。 针对这个问题，马歇尔解释说：《1789年司法条例》第13款是与宪法相互冲突的，因为它在规定最高法院有权向政府官员发出执行令时，实际上是扩大了宪法明文规定的最高法院司法管辖权限。如果最高法院执行《1789年司法条例》第13款，那就等于公开承认国会可以任意扩大宪法明确授予最高法院的权力。 马歇尔认为，此案的关键性问题在于“是由宪法控制任何与其不符的立法，还是立法机构可以通过一项寻常法律来改变宪法。在这两种选择之间没有中间道路。宪法或者是至高无上、不能被普通方式改变的法律，或者它与普通法律处于同一水准，可以当立法机构高兴时被改变。如果是前者，那么与宪法相互冲突的立法法案就不是法律；如果是后者，那么成文宪法就成为人们的荒谬企图，被用来限制一种本质上不可限制的权力。”话说到此，宪法的神圣性已呼之欲出。 接着，马歇尔趁热打铁抛出了最后的杀手锏。他斩钉截铁地指出：“宪法构成国家的根本法和最高的法律”，“违反宪法的法律是无效的”，“断定什么是法律显然是司法部门的职权和责任”。如果法官不承担起维护宪法的责任，就违背了立法机构所规定的就职宣誓，“规定或从事这种宣誓也同样成为犯罪。” 据此，马歇尔正式宣布：《1789年司法条例》第13款因违宪而被取消。这是美国最高法院历史上第一次宣布联邦法律违宪。
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