建筑企业农民工工资保证金退还手续是：书写工资保证金退还申请书，带齐原已交保证金的票据、往来账目清单等材料，向人力资源和社会保障行政部门提交申请，审核通过，按步骤分批次退还建筑施工企业的工资保证金。
《建设领域农民工工资支付管理暂行办法》第十五条 企业应按有关规定缴纳工资保障金，存入当地政府指定的专户，用于垫付拖欠的农民工工资。 《保障农民工工资支付条例》第三十二条 施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。 工资保证金实行差异化存储办法，对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位适当提高存储比例。工资保证金可以用金融机构保函替代。 工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。