法律分析：1、首先可以向所管辖的国土局进行重新勘测的申请，所需资料可以打电话做基础咨询。
2、接着到国土局打印了不动产权资料电脑查询结果表，再向公司所属地区的地税局信息管理科递交资料更改登记信息明细。
3、然后在地税前台领取退税申请所需资料表，按照那个准备递交，征收科审核通过即可。
4、另外自己写一份请求查证土地使用权面积的申请，附上《土地使用权证》复印件送当地县国土资源局地籍股，要求核实你土地使用证上的面积与实际面积不符，与实际面积计入你的《土地使用权证》。
法律依据：《确定土地所有权和使用权的若干规定》 第五十六条 土地所有权或土地使用权的四至界限与实地一致，但实地面积与批准面积不一致的，按实地四至界限计算土地面积，确定土地的所有权或使用权。