（1） 利用禽畜粪便生产沼气。经发酵生产的沼气，将有效杀灭粪便中致病微生物、寄生虫卵等，而且，作为二次能源的利用，大大节省了资源输出。在产生沼气的过程中，因氮元素的损失较少，产生的沼渣富含氮磷及微量元素，可作为鱼饲料。而形成的沼液，喂猪后效果更好。沼气池常安排在地下，至少有六个部分，即进料池、发酵池、储气池、出料池、使用池和导气管。
（2）处理禽畜粪便制作饲料。选择鸡粪喂牛、猪，从节省饲喂成本来说是完全可行的。但是，鸡粪不加处理会含有大量刺激性气体，甚至含有寄生虫卵，有很强的传染性。故早期需经严格处理，否则很容易导致家畜出现消化不良、拉稀等症状。尤其在准备上市之前，停止饲喂鸡粪，是完全有必要的，否则将严重影响肉质品质。这些年来随着安全肉工程、放心肉工程等的实施，大大提升了民众对肉制品安全的认可度，消费者对市面上买卖的肉制品品质有了更高的要求，这样，禽畜粪便用作饲料的空间变得越来越小。
（3）加工禽畜粪便用作肥料。调查证实，禽畜粪便中含有丰富的氮、磷、钾等微量元素，是植物生长必备的营养物质。同样，含有丰富的纤维素、半纤维素等物质，施入土壤后能大大提升土壤肥力。加工禽畜粪便作肥料使用，大致有三种方式，即高温堆肥、干燥处理和药物处理。
高温堆肥就是将禽畜粪便与有机质混合后，控制在70%湿度环境下，经微生物作用产生很好的发酵环境。在此环境下，有机质被分解为可被植物吸收利用的无机质、腐殖质。而且，在发酵中将形成高温环境，可达50～70℃，能有效清灭病原微生物、寄生虫等，实现无公害化利用的目的。干燥处理畜禽粪便的方式和工艺较多，常使用笼舍内干燥、大棚发酵干燥等方式。干燥处理的主要问题是设施成本较高，而且干燥处理过程中会产生臭气，污染周边的空气环境。禽畜粪便药物处理就是在急需用肥的季节，或在传染病或寄生虫病严重流行的地区，为快速杀灭畜禽粪便中的病原微生物物和寄生虫（或寄生虫虫卵），而使用化学药物。选用药物时，应选择药源广、价格低、使用方便、灭虫和杀菌效果好、不损肥效、不导致土壤残留、对作物和人畜无害的药物。常用的药物有敌百虫（添加量为10mg/kg）等
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