首先从机械原理的角度讲，电喷的喷油嘴设置在进气歧管内，燃油完成喷射并在进气歧管内和空气混合，随着气门的打开和活塞的向下运动，油气混合物进入汽缸。这种结构特性决定了燃油可以直接喷射在气门上，一定程度可以对气门上的积炭产生清洁的作用，所以同等工况下，采用电喷的发动机更不易产生气门积炭。其次，由于燃油和空气在进气歧管内就开始混合，所以使得雾化汽油颗粒与空气间混合更为充分均匀。再次，喷油嘴设置在燃烧室之外，后期维修保养更为方便简单，不用考虑燃烧室内高温高压对喷油嘴的影响，利于成本控制。
电喷结构的缺点当然有。首先是特定工况，急加速时，节气门开度变大，喷油量增加。瞬时过多的燃油会附着在进气歧管内壁，无法和空气充分混合并进入燃烧室，造成燃油的浪费，燃烧效率降低。其次，几乎所有采用电喷供油结构的发动机无法实现高压缩比，
因为进入汽缸的是空燃比固定的油气混合物而非纯净的空气，过高压缩比会在活塞到达上止点完成压缩行程点火之前被压燃，并产生爆震。再次，单纯电喷供油（进气歧管供油）方式的内燃机无法实现稀薄燃烧这种更为高级的燃烧方式。
反观直喷供油系统，喷油嘴设置在气缸内，燃油在活塞压缩过程中完成喷射并在燃烧室内与空气混合，由于结构特点，对应优势有四：1、燃油直接喷射进气缸内部，避免了燃油附着在进气歧管内壁，减少浪费；2、压缩比高，在活塞压缩行程过程中，多次喷油，并逐渐达到理想空燃比，有效防止爆燃产生；3、直喷供油方式可以实现稀薄燃烧这种更为高级的燃烧方式；4、直接喷射进汽缸的燃油对气缸内壁的冷却起到一定作用。
直喷的不足之处就是：1、冷启动时发动机达不到理想工作温度，导致直接喷射进汽缸的雾化汽油无法充分与空气混合导致燃烧不充分，且雾化汽油颗粒极易附着在气缸内壁，形成湿壁现象，前段时间沸沸扬扬的CR-V机油事件与此不无关系（上文提过的汽油对气缸内壁的冷却作用反而会阻碍发动机冷启动时温度上升）；2、相较电喷，汽油起不到对气门的清洁作用，更容易产生气门积炭；3、喷油嘴放置在汽缸里，维修保养工作更为繁琐，并且需要考虑喷油嘴这一精密装置的抗高压高温性能，材料成本更高，技术难度更大。
综上，无论电喷还是直喷，都有对应的优缺点，且很多方面无法兼得。具体一台内燃机采用哪种供油方式还是要看所搭载车型的市场定位。
缸内直喷的最大优点就在于燃油以极高压力直接注入于燃烧室中，而随着近些年电子系统的控制技术大幅进步，电脑对于进气量与喷油时机的判读与控制也愈加精准，从而实现分层燃烧和稀薄燃烧。因此在省油效果和动力性能上相比于多点电喷技术有更优异的表现
而缸内直喷是直接将燃油送到气缸，然后再与从进气歧管进入到缸内的空气混合，之后在燃烧做功。这其中省去了中间的环节。缸内直喷也可以说成是另外一种形式的电喷。