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高通量测序深度
高通量测序
各参数计算方法(一)
答:
重复率与去重后的
测序深度
:
高通量测序
中,重复率或冗余(Duplication)指的是数据中完全相同的序列占比。若重复率是20%,那么分析时需要舍弃20%的数据。去重后,平均测序深度为600X乘以(1-20%),即480X,这才是实际可用于分析的有效深度。去重后的平均测序深度对于生信分析至关重要。如果深度不足,例...
高通量
基因组测序中,什么是
测序深度
和覆盖
答:
简洁版: 深度即:测序得到的总碱基数/基因组碱基数 。也可以理解为将基因组测了几遍。
测序深度
能减少假阳性和测序错误率。覆盖度原来是指基因/转录组上测序测到的部分占整个组的比例,但是现在很多人把coverage也直接当depth用了。详细版: depth嘛,就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数,比如...
为什么
高通量测序
dna是
深度
,rna测序是多少m
答:
由于RNA表达的时空和时间的特异性,所以不同时刻或者是同一时刻不同组织内RNA表达的数目有着较大的差别,所以我们在说RNA的测序数据量时就不能够用
测序深度
来表示。一般在说RNA测序时会说我们测了多少的cluster, 就是打断后的RNA分子。比如说某一个RNA样本测序用了30M(30million)的cluster,采用双端测序...
高通量测序
中
深度
和覆盖度是什么意思
答:
可以简单理解为
深度
是一条链上一个碱基检测到的次数,覆盖度是你检测到的这个样本的总碱基数的百分比
二代测序中的
测序深度
如100x代表什么意思
答:
测序深度
,测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(Genome)的比值,是评价测序量的指标之一。第二代测序为
高通量测序
,采用微珠或高密度芯片边合成边测序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次获得数G数据,相对与第三代,都仍然需要扩增的方法放大信号,扩增后再检测。第二代测序技术的核心思想是...
高通量测序
技术及原理介绍
答:
高通量测序
技术也被称作二代测序技术(Next Generation Sequencing, NGS),这是相对一代测序技术(Sanger Sequencing)而言的,同时由于高通量测序的出现使得我们能对一个物种的基因组和转录组进行全面、细致的分析成为可能,所以又被称为
深度测序
(deep sequencing)。高通量测序技术以能一次并行对几十万到几...
高通量测序
介绍
答:
目前常说的
高通量测序
是指用第二代测序技术来进行测序 第三代测序技术(单分子测下),读长较长,错误率较高,成本较高。NGS测试平台比较 常用名词解释 Reads: 高通量测序平台产生的序列标签就称为reads Ref: 参考基因组序列
测序深度
:测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。覆盖度:测序...
小白的生信笔记(1)——
高通量测序
的一些基础知识
答:
测序深度
是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M,测序深度为10X,那么获得的总数据量为20M。覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细...
高通量测序
有多少个G数据怎么看
答:
测序深度
指测序数据与参考基因组比对后,设计的目标区域上某一碱基一共被测序了多少次,通常称为乘(X)或者倍。去重后平均测序深度是
高通量测序
生信分析时最重要的质控指标之一。如果去重后平均测序深度较低,很可能直接导致无法检出真实存在的低低丰度突变。生信分析时通常认为当有5条独立的阳性Reads支持...
什么是
深度测序
?
答:
高通量测序
技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为
深度测序
一般的方法是边合成,边测序。如通过碱基加到引物后端时所释放出的焦磷酸盐来提供检测信号。针对每种碱基的特定波长的激光激发...
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