阵发性睡眠性血红蛋白尿尚无特异性疗法，对症治疗主要是缓解贫血及减少溶血发生。选择治疗时要根据每个患者实际情况权衡利弊。常用的治疗方法如下。
（1）皮质类固醇。一般认为，用泼尼松类药物可控制或减轻血红蛋白尿发作，使血红蛋白上升，但停药后易复发。一般每日20～30mg，连用3～6周，缓解后逐渐减量。减量过程中，有人主张试服达那唑0.2g，每日2次或每日3次，可减少反跳现象。
（2）雄激素。雄激素可促进红细胞生成，对阵发性睡眠性血红蛋白尿骨髓增生低下者，用雄激素可减少输血，使血红蛋白上升。
国内一般应用美雄酮或司坦唑醇。美雄酮每日15～30mg，或司坦唑醇每日6～12mg，应用中注意副作用。
（3）维生素E。维生素E是一种抗氧化剂，国外学者认为它可强化红细胞膜，阻止溶血发生。国内常用于治疗阵发性睡眠性血红蛋白尿，但疗效需进一步证实。一般剂量100～200mg，每日3次。
（4）铁剂。阵发性睡眠性血红蛋白尿患者由于大量血红蛋白随尿丢失，病程久长可致严重缺铁性贫血。明确缺铁后，可用铁剂。
但补铁不当，会使溶血加重，这是因为使用铁剂后生成更多有缺陷的对补体敏感的红细胞的缘故。所以只宜用小剂量口服铁剂。有人主张在给铁剂治疗前先输血，以抑制红细胞的生成，防止溶血加重。
（5）输血。输血的适应证是：严重贫血伴有缺氧症状；严重、持续的溶血伴有长时间的血红蛋白尿；小血管血栓形成的剧痛；外科手术之前。
但由于输全血可同时输入血浆中ABO凝集素及补体等，以及患者多次接受HLA不同型血，可产生抗白细胞及抗血小板抗体，常易发生输血反应，甚至诱发血红蛋白尿，或加重原有血红蛋白尿。因此，对阵发性睡眠性血红蛋白尿患者应输以生理盐水洗涤红细胞。
（6）其他。如用骨髓移植、胎肝移植、山莨菪碱治疗。