这两个是完全不一样的，ます型是正常语句中。而のです(んです）型是隐含原因的表述形式，虽然很多地方两个也都能用，但是说话人表达的心情或者是想法是不一样的。
私は行きます。我走了（去某处），只是简单陈述我走了这个事实。没有任何语气。
私は行くのです。（因为）我走了。这里暗含因为我走发生了什么事情或者是什么事发生是因为我走了，或者是我走了是具有明确目的性的，会产生效果或者引发其他事。但是这种表原因用法并没有で から 原因 等词表原因那么强烈。只是很弱的原因。
追问也就是说，只要没有特殊情况，两者基本上不冲突
追答这个就是根据个人喜好了，一般最好还是ます好点。毕竟都用のです让人觉得你是有目的性的。