对于我国目前如此大规模调整最低工资标准的做法，学术界有不同的看法，多数持肯定的态度，但也有一些经济学家对此提出质疑，甚至建议取消最低工资制度。他们认为最低工资标准除了会扭曲市场资源配置的功能,更主要的是，上调最低工资标准增加了企业劳动力成本，对企业、尤其是利润率低的中小企业产生致命打击，导致企业裁员，加剧失业，使得本应受政策保护的弱势劳动群体难以进入劳动力市场，违背了最低工资立法的初衷。在我国目前劳动力市场供大于求的格局下，中小企业是吸纳就业维护社会稳定的基础力量，农业剩余劳动力、城镇下岗职工、新毕业大中专技校生的就业问题等都得依靠中小企业来解决。但当前我国中小企业在发展过程中，融资困难、缺乏政策扶持等问题制约着它们的发展，面对自身的生存压力,它们只能通过压低工资转嫁给普通劳动者。此外不少中小企业是以低端制造为主的劳动密集型企业，产品科技含量低,只能凭借劳动力优势赚取薄利，劳动力价格上涨确实令这些企业不堪重负。
最低工资制度虽然会对中小企业产生一些不利影响，但是一方面出于政府的责任和社会的公平正义，最低工资制度作为社会的兜底制度必须执行;另一方面适时制定、标准适度的最低工资从整体来看并不会对中小企业产生较大的负效应，反而会引导企业依靠改进经营管理和技术创新来提高竞争力，为企业提升产业层次、转变经济增长方式提供机遇和可能。最低工资制度对中小企业有以下几方面的正效应：
1.提高最低工资标准能更好地保障低收入劳动者及其家庭成员的基本生活，有利于激发劳动者的积极性和创造性，促进中小企业劳动生产率和经济效益的提高。
我国中小企业普通职工收入很低，其工资普遍低于社会平均工资。一线普通职工工资水平更低，大部分在最低工资标准附近波动。劳动力价格过低使得在劳动力市场低端的职工生计都难以维持，更谈不上人力资本增值。而提高最低工资标准在一定程度上会减少劳动者的后顾之忧，激发劳动者的工作热情，提高劳动生产率，促进中小企业效率和效益的提高。
2.提高最低工资标准有利于扩大劳动者的消费需求，为中小企业发展开拓新的空间。
购买力的严重不足是阻碍我国经济发展的一大障碍。过去中国主要依靠投资和出口两个车轮拉动经济快速增长，消费占GDP的比重很小，近两年受国际金融危机的影响，投资和出口的速度明显放缓，更需要依靠提高消费来促进经济增长。当前若维持最低工资标准不变，表面看来似乎有利于中小企业，实际上却不利于消费市场的扩大，进而也不利于中小企业的生产。而最低工资标准提高有利于提高劳动者的购买力，缓解内需不足，并且会进一步扩大部分商品的市场需求，引致相关产业的发展，从而为中小企业发展构建新的空间。
3.提高最低工资标准将挤压低层次企业的生存空间，促进中小企业经济转型和产业结构调整。
优胜劣汰是社会经济发展的必然结果。提高最低工资标准，中小企业成本增加，一批产品附加价值低、靠廉价劳动力赚钱的劳动密集型企业会被淘汰。中小企业要想赢得新的发展空间，必须加速产业升级，调整产业结构，培育一批新的高新技术产业和高附加值产业，必须注重改革创新，充分挖掘生产率、技术、制度的潜力，提高用人效率，降低人工成本。中山大学管理学院教授李新春认为，劣势企业的退出，给优势企业腾出了做大做强的空间。从中长期来看，本地的产业集群不但不会缩小，反而会因优势企业的做大做强而不断提升竞争力。
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