东天山地区探明的金属矿产种类较多，但主要的金属矿产是晚古生代铜、金、镍、钼和铁等，根据矿床的含矿主岩和成矿作用方式，基本上可划分为下列类型：斑岩型铜钼矿床、热液型铜锌矿床、岩浆型铜镍硫化物矿床、矽卡岩型铜银铁矿床、韧性剪切带型金矿床、浅成低温热液型金矿床、石英脉型金矿床和黑色岩系有关金矿床（表7-1）。
斑岩型铜钼矿主要分布在康古尔—黄山一线，从西到东依次为土屋-延东大型铜钼矿、灵龙小型铜钼矿、赤湖小型铜钼矿、三岔口小型铜钼矿和白山中型钼铼矿（见图7-1）。土屋-延东、灵龙和赤湖3个斑岩型铜钼矿分布在企鹅山-土屋石炭纪岛弧带，赋矿地层均为下石炭统企鹅山群中基性火山岩，侵入岩主要为海西中期的花岗闪长（斑）岩，含矿主岩为上述中基性火山岩和花岗闪长（斑）岩。斑岩型铜钼矿成矿时代比花岗闪长（斑）岩稍晚，仍为海西中期。三岔口铜钼矿和白山钼铼矿分布在企鹅山-土屋石炭纪岛弧带南侧的阿奇山-雅满苏早、中石炭世岛弧带，赋矿地层均为下石炭统干墩组粉砂岩、页岩、凝灰岩、凝灰质砂岩和砂岩等。三岔口铜钼矿区的侵入岩主要为海西晚期的花岗闪长（斑）岩和英云闪长岩，含矿主岩主要为花岗闪长（斑）岩。其成矿时代比花岗闪长（斑）岩稍晚，为海西晚期（李华芹等，2004）。白山钼铼矿区的侵入岩主要为印支早期的花岗闪长（斑）岩脉，含矿主岩主要为下石炭统干墩组粉砂岩、页岩、凝灰岩、凝灰质砂岩和砂岩等，少量为花岗闪长（斑）岩。该矿床的成矿时代为印支早期（Zhang et al.，2005）。上述5个斑岩铜钼矿床的矿体均受东西向区域性断裂和韧性剪切带控制。
表7-1 东天山成矿区铜金多金属矿床特征
续表
热液型铜锌矿床分布在康古尔塔格地区，其所处大地构造位置为企鹅山-土屋石炭纪岛弧带西部，代表矿床为小热泉子中型铜锌矿（见图7-1）。该矿床矿体受近东西向区域性断裂和韧性剪切带控制，赋矿地层为下石炭统中基性火山碎屑岩，侵入岩为海西中晚期流纹斑岩和钠长斑岩，成矿时代为海西中期末（李华芹等，1998）。
岩浆型铜镍硫化物矿床主要分布在哈密黄山地区，探明的代表性矿床有黄山、黄山东、图拉尔根、香山、土墩和葫芦等。这些铜镍硫化物型矿床所处大地构造位置为康古尔-黄山韧性剪切带，矿体受近东西向区域性断裂和韧性剪切带控制，赋矿地层为下石炭统干墩组砂质糜棱岩，含矿主岩为海西中期镁铁质-超镁铁质岩，成矿时代为海西中期末（毛景文等，2002，2006）。
矽卡岩型铜银铁矿床分布在康古尔塔格—雅满苏一带，探明的矿床有维权、路白山和雅满苏等，这些矿床所处大地构造位置为阿奇山-雅满苏早、中石炭世岛弧带，矿体受近东西向区域性断裂控制。赋矿地层主要为中石炭统土古土布拉克组砂岩、灰岩、火山碎屑岩和火山岩。矿区有海西中期末—海西晚期中酸性侵入岩体出露，成矿时代为海西晚期（毛景文等，2002）。
韧性剪切带型金矿床分布在康古尔塔格一带，探明的矿床有康西、康古尔和马头滩等，这些矿床所处大地构造位置为阿奇山-雅满苏早、中石炭世岛弧带北缘，矿体受近东西向区域性断裂和韧性剪切带控制。赋矿地层主要为下石炭统雅满苏组中基性火山岩。矿区有海西中期末—海西晚期中酸性侵入岩体出露，成矿时代为海西晚期（李华芹等，1998；毛景文等，2002）。
浅成低温热液型金矿床分布在康古尔塔格西侧，代表矿床为石英滩金矿床，该矿床所处大地构造位置为阿奇山-雅满苏早、中石炭世岛弧带，矿体受近东西向区域性断裂和中心式火山机构控制。赋矿地层主要为下二叠统阿其克布拉克组陆相双峰式火山岩。矿区有海西晚期英云闪长岩和花岗斑岩侵入岩体出露，成矿时代为海西晚期（李华芹等，1998；毛景文等，2002）。
石英脉型金矿床主要分布在康古尔-黄山韧性剪切带南北两侧，矿体明显受近东西向区域性断裂和韧性剪切带控制。韧性剪切带北侧探明的矿床为垅西、企鹅山和小红山等，这些矿床所处大地构造位置为企鹅山-土屋石炭纪岛弧带，赋矿地层多为下石炭统企鹅山群中基性火山岩，侵入岩主要为海西中-晚期的花岗闪长（斑）岩，含矿主岩主要为上述花岗闪长（斑）岩和花岗闪长（斑）岩，成矿时代海西晚期（新疆地调院，2001；毛景文等，2002；王志良等，2003）；韧性剪切带南侧探明的矿床为西凤山、红石岗、翠岭和白干湖等，这些矿床所处大地构造位置为阿奇山-雅满苏早、中石炭世岛弧带，赋矿地层主要为下石炭统雅满苏组中基性火山岩。矿区有海西晚期花岗（斑）岩、闪长岩和石英斑岩等侵入岩体出露，成矿时代为海西晚期（姬金生等，2000；李华芹等，1998；毛景文等，2002）。
黑色岩系型金矿床分布分为南北2个带，南带沿骆驼峰—大青山一线产出，所处大地构造位置为北山晚古生代裂谷，典型矿床为大青山小型金矿（见图7-1），矿体受北东东向区域性断裂和韧性剪切带控制，赋矿地层为下石炭统碳质千枚岩和含粉砂岩，成矿作用时代为海西晚期（张国成，2003）；北带沿康古尔—黄山一线产出，所处大地构造位置为康古尔-黄山韧性剪切带，典型矿床为齐石滩小型金矿，矿体受近东西向区域性断裂和韧性剪切带控制，赋矿地层为下石炭统碳质碎屑岩，成矿作用时代为海西晚期（毛景文等，2004）