工资按实际出勤日计算合法。工资计算方式由用人单位与劳动者进行协商。用人单位的规章制度没有违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，违反公司规定扣工资的不违法。
《中华人民共和国劳动法》第四十七条 用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。 《中华人民共和国劳动法》第四十八条 国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，抱国务院备案。 《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。