孙长卿，字次公，扬州人。因为外祖父朱巽的缘故，被任命为秘书省校书郎。天禧年间，朱巽驻守雍州，让孙长卿随同运取佛像入见皇帝。（这时）宋仁宗正代（真宗）治理天下事务，称赞孙长卿年少而对答敏捷，想留他在东宫侍奉自己，（但）孙长卿以母亲患病为由推辞了。皇帝下诏升迁孙长卿掌管楚州粮料院。州中仓库积存大米五十万（石），有的年久腐烂已不能食用，主管官吏都怕犯法，没人敢轻易出仓粮食。孙长卿斟酌粮食的新旧，将好米筛选留下，又将陈米用清水淘去泥污，那些官吏才得以免于被治罪。
孙长卿担任河南府通判。秋天，下大雨，军营房屋被毁坏。有人说某些士兵要叛乱，洛阳城中一片哗然。孙长卿赶去晓谕他们说：“下雨毁坏了房屋，还未能修葺，你们怎么有想叛变的意思，恐怕是有人想趁机动摇我们的军心吧？”（孙长卿）审问出一个首恶分子杀了，并且当夜留宿在军营中，众人的心才安定下来。孙长卿担任和州知州。有人上诉说别人杀了他弟弟，孙长卿考察他所讲的不合情理，询问他的家产情况，他回答说：“是上等。”又问：“家中几个人？”回答说：“只有这个弟弟而已。”孙长卿说：“那么是你杀了弟弟。”审问这个人，服了罪，郡中的人把孙长卿视若神明。
孙长卿历任江东淮南河北转运使、江浙荆淮发运使。一年漕运到京的米达八百万（石），有人质疑运的米太多，孙长卿答道：“我不是想要有盈余，而是用来预防荒年。”议论的人认为楚水多风浪，请求开通盱眙河，从淮河通到高邮。孙长卿说：“地势有山为阻曲折回绕，工役大难于成功。”事情交付都水官，调动民工几百万，终于不能完成，就作罢了。当时又要开放茶叶买卖而收其赋税，召孙长卿商议，孙长卿说：“本来祖宗实行茶叶专卖，是为了充作西北二边境购买军粮之用，而且不出京城的钱，公家私人都认为便利。现在实行的措施，不足补助边境购买军粮开支的十分之一，而国家的财用被损耗了。”于是逐条陈奏不便的理由十五件事，朝廷不听。
孙长卿改任陕西都转运使。过了一年，任庆州知州。庆州占据险峻之地，以无水为患，曾经从山谷中挖渠引水以供城中人取用，不久又断水了。孙长卿开凿了一百口井，都找到了泉水。泥阳有罗川、马岭等地，山上构筑有危险的栈道，下临万丈深渊，路过的人惴惴恐惧。孙长卿寻访到唐朝时故道，开辟为通途。改任定州知州。
熙宁元年，河北发生大地震，城墙和粮仓都倒塌了，孙长卿尽力修缮补筑。宋神宗知道他的才能，转任他为兵部侍郎。第二年，去世，享年六十六岁。
孙长卿没有文学才能，但擅长政事，是能干的官员。孙长卿性情廉洁，从不取别人一毫财利。孙长卿任定州知州时应得园林之利八十万，他悉数归公。孙长卿死后，皇帝下诏派人护送他的灵柩归葬原籍。
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