1、普及度不同
技能薪酬制是近几年企业改革中普遍采用的新的工资制度，根据劳动者的实际劳动质量和数量确定报酬的多元组合的工资类型。能力薪酬体系指从事其他相关岗位工作有关的知识和技能，表现在能力的横向结构上，提倡员工掌握更多的技能，鼓励员工成为通才。
2、主要内容不同
能薪酬制以劳动技能、劳动责任、劳动强度、劳动条件等基本劳动要素为评价依据，以岗位或职务工资和技能工资为主要内容。能力薪酬体系通常包括三类：深度技能、广度技能、垂直技能。
3、支付标准不同
技能工资制根据员工所具备的技能向员工支付工资，技能等级不同，薪酬支付标准就不同。深度技能表现在能力的纵向结构上，强调员工在某项能力上不断提高，鼓励员工成为专家；
扩展资料：
两种工资制的共同特点
1、有利于员工提高技能和能力。技能工资制和能力工资制会鼓励员工不断进行学习，使自己的技能、能力素质不断提高。
2、人员配置灵活。由于根据人的能力来确定工资，可以灵活配置员工，对于岗位轮换比较频繁的企业有较大好处；对于人员任务分派不受岗位职责限制，更有利于将任务指派给合适的人去做；可以充分提倡“能者多劳”的精神，有利于进行人员精简。
3、工作内容丰富，员工满意度高，员工成长快。鼓励员工掌握多种技能（能力），可以扩展和丰富员工的工作内容，提高员工的满意度，同时使员工快速成长。