广西壮族自治区农用地分等标准样地设置以农用地分等成果为基础，坚持“以指标区为整体进行网络控制，按等别设置样点进行层面控制”的原则，使设置的样点在区域内形成网络结构，覆盖全部利用等别。
（一）分层次设置原则
分层次设置是指广西壮族自治区根据自身农用地标准样地设置按国家级和省级农用地标准样地两个层次设置。
（1）广西壮族自治区根据自身的实际情况和特点，以设置国家级和省级两个层次的标准样地为主。国家级标准样地分市布设，其代表广西壮族自治区最好的农用地，原则上每个地级市至少设立1块。农用地综合特征普遍较优的地级市可多设置国家级标准样地。
（2）省级标准样地按耕作制度分区，依据水分、土壤、地形地貌、土地利用等条件的差异，分县（市、区）布设。样地的数量由该县（市、区）的农用地利用等别的数量决定，利用等别超过10个的县（市、区）应设置8块，利用等别为8～10个的县（市、区）应设置6块，少数县（市、区）的土地面积或农用地面积较小、利用等别少于8个，设置5块。样地的分布由每个县（市、区）根据既定的样地数量，结合实际，选择在本县（市、区）较具代表性的地块进行设置，每个乡（镇）最多不超过2块。
（二）生产能力最好原则
生产能力最好原则指标准样地所在单元地块处于同一指标区县域内同一等别土地生产能力及生产条件的最优状态，即该单元的利用等别和自然质量等别在同一指标区县域内的分数处于相对最高，粮食产量在同一等别中也相对最高。
国家级和省级标准样地的设置都遵循生产力最好的原则，但两者又存在一定的区别。第一，设置国家级标准样地时选择全自治区农业生产条件及生产能力最好的分等单元，也是该县域内利用等别最高（或接近最高）的单元，一般是高产水田。所谓的农业生产条件最好，主要体现在单元利用等指数和自然质量分的高低。一般来说，利用等别越高，该单元的利用等指数越高，说明单元的产能高，即生产能力好；自然质量分的高低说明单元土壤适宜农作物生长的条件的好坏程度。第二，设置省级标准样地时，一般情况下选择在县域内同一利用等别中生产能力最具有代表性的分等单元。省级标准样地的选择单元要求在地级市覆盖所有的利用等别，具体到县（市、区）。根据需要设置样地数量，在全市范围内每一个利用等别选择生产能力最具有代表性的分等单元，设置省级标准样地，也就是说，设置的省级标准样地既有水田，也有旱地。
（三）设置样地所在地块面积最大原则
由于较大面积的农田具有较高的稳定性，用途变更较慢，抵抗外来干扰的能力较强，符合农用地质量管理的稳定性要求，所以样地设置应选择县域内分等单元中同一等别面积最大的地块。
（四）设置样地尽量覆盖全市所有土壤类型原则
土壤类型不同其土壤特性也不同，而不同的土壤特性对作物的生产有着较大影响，标准样地设置覆盖全市所有土壤类型有利于分析和监测全市土壤类型变化与作物生产能力变化之间的相互关系。
（五）层面控制原则
层面控制原则是指农用地标准样地设置以指标区和地级市为整体，在整体区域内按农用地利用等别划分层面设置标准样地，在不同的区域不同的层面或同一区域同一层面按土壤类型不同选择农用地综合生产能力较好的单元进行样地设置，使标准样地的设置结果在区域内形成一个不同层的网络控制的有机整体，便于层面的质量分析比较和控制。
农用地标准样地设置以全自治区分等成果中的利用等别为基础，分指标区和地级市两个整体进行网络控制。首先，以农用地分等工作中划分的7个指标区进行网络层面控制，对每个指标区的每一个利用等别层面按不同的因素属性特征指标进行样地设置，使不同土壤类型的耕地在每个层面上都覆盖有多个标准样地。其次，以地级市为整体进行市域内的网络层面控制，以14个地级市的辖区为单位，对同一个市辖区内的县（市、区）根据土壤类型、自然质量分等因素在不同的利用等别层面上选择综合生产能力较好的耕地设置标准样地，使地市级范围内不同的等别层面上也覆盖有多个标准样地，每个层面样地不同分值指标可以进行质量比较。因此，全自治区设置的农用地标准样地形成一个大的质量监测、控制网（监控网），指标区层面形成一个中型的质量监控网，市一级层面形成一个小的质量监控网，整个广西壮族自治区的农用地质量监控体系逐步形成。通过这些监控网可以间接地、较系统地对全自治区农用地的质量等级变化进行动态监测、管理、控制。
（六）GPS坐标定位原则
标准样地分布于全自治区各个县（市、区），点多面广，为了今后能及时准确查找出样地的位置，在设置标准样地时，将所挖掘的土壤剖面进行GPS卫星定位，确定剖面的地理坐标。
GPS定位系统可全天候工作，能提供连续、实时的三维位置、三维速度和精密时间，不受天气的影响；GPS定位精度高且具有导航功能，将记录下来的样地坐标或经纬度输入GPS，可以通过导航找到目标样地；采用GPS定位既准确，又能节约成本，形成的标志不易被破坏。
相对直接设置水泥墩标志牌，GPS定位虽然不直观，但定位准确、成本较低，不占用农用地空间，能达到实际工作的要求，因此，广西壮族自治区农用地分等标准样地设置直接采用GPS定位，不再在实地设立水泥墩标志牌。
（七）永久性标志原则
设置的样地单元所在地块为土地利用总体规划确定的永久性农用地，以全自治区各市级、县级土地利用总体规划图以及农用地分等成果图件作为样地布设的工作底图，确定建设用地范围、农用地范围以及耕地范围，样地设置应落在土地利用总体规划确定的永久性农用地范围之内，作为永久性标志的地块。
标准样地采用GPS定位，由于样地的经纬度具有唯一性，因此，在每一块样地的属性表中填写经纬度和大地坐标值，实际上相当于把该样地的位置永久地记录、保存下来。在样地的剖面照片和景观照片中，均立有一块标注样地级别和经纬度的牌子，借助在设置样地过程中拍下的剖面和景观照片，也可以保存这些信息作为永久性标志。