初级阶段：
1.1. 在五十音图还没背熟的阶段，只能死记硬背（从题主把ち打成了ら来看，也许题主还处于这个阶段）。
1.2. 五十音图背熟了之后，你会发现日语中汉字的读音有两种，一种叫音读，跟汉语有点像，另一种叫训读，跟汉语没关系。你也会大致掌握音读和训读的使用场合：一般单个汉字用训读，多个汉字连在一起用音读。
中级阶段：
2.1. 你会发现有些字的音读和训读还不是唯一的，似乎可以按意思区分。比如「楽」字的音读，读「がく」的时候是音乐的意思，读「らく」的时候是快乐的意思；「空」字的训读，读「そら」的时候是天空的意思，读「から」的时候是空白的意思。
2.2. 你会发现很多单字的读音在连成词后会发生变化，比如连浊（中国 ちゅう + こく = ちゅうごく）、连促（学校 がく + こう = がっこう）。
2.3. 你会发现有些多字词的读音是没法拆分到每个字的，比如「明日」（あした）、「红叶」（もみじ）。
高级阶段：
3.1. 你会发现有时候仅凭意思并不能完全区分汉字的多种读音。有时候还要看汉字在单词中出现的位置，有时候则完全无法区分。题主举的「日」字的多种读音，就是在这个阶段才能完全掌握的。
3.2. 你会发现音变的发生并不总是有规律的，比如「中国」连浊，「韩国」就不连浊；「夕暮れ」连浊，「夕风」就不连浊，似乎只能背。
3.3. 你会发现有些词明明有正常的读音，有时却硬是读成另一个词，并开始自己使用，比如「宇宙」读作「そら」，「地球」读作「ほし」，「季节」读作「とき」。
音读
1. せい 「生活」
2. ぜい 「平生」（1的浊化）
3. しょう 「生涯」「一生悬命」
4. じょう 「诞生」（3的浊化）
5. そう 「麻生」（日本的姓）
音读来源于汉语，读音和汉字很接近，而且出现在双音节的汉语词汇里，很好记。时间久了还能自己猜到某个字的音读呢。
训读
6. い 「生きる」动词，意为“生存”
7. う 「生まれる」动词，意为“出生”
7.5 うま 「生れる」同上，只是把ま算进去了
8. なま 「生意気」形容词，“熟”的反义词
9. き 「生地」 固定搭配，名词，意为“质地”
我觉得初学者在学习日语的时候没有必要说文解字，强迫几下所有读音，只需记住在那种情况下用哪种读法就可以了。说文解字是需要语言积累的而不是通过学习读音就能学会的，而且也记不住。先不必急着全记住，记词。日语中甚至有せい-はい 【成败】せい-ばい [【成败】 （名）スル。这样的情况，所以必须记词。在学习到N2左右水平的时候你会发现「く」以及某些音，后面接某些行是会变促音的，这个需要词汇积累。训读的话就是动词了，而且这个辨认方法可以套用在绝大多数的词语上。
